Saúde Ecológica é quando promovemos a saúde dos ecossistemas e seus componentes, como os seres vivos, plantas, animais, micro-organismos, luz, temperatura, nutrientes, solo e água. A Saúde Ecológica não pode ser interpretada como algo estático, mas sim como um estado de constantes alterações autorreguladas, o que significa que os padrões de surgimento de enfermidades e seus efeitos sobre a saúde humana, animal e vegetal também permanecem dinâmicos e dependentes entre si.

Com o propósito de buscar equilíbrio e harmonia entre a saúde do indivíduo e a conservação da natureza o Instituto Felinos do Aguaí criou o Programa Saúde Ecológica. As ações do programa unem saúde humana, saúde animal, saúde vegetal e saúde do ecossistema, buscando investigar múltiplas interações entre patógenos e doenças e entre espécies e ecossistemas.
O Programa é composto de atividades que incluem campanha educativa, que visa conscientizar, mudar comportamentos, atitudes e práticas ligadas a prevenção de doenças transmitidas por animais, também conhecida como doenças zoonóticas. Em 2020 foi criada a campanha “Animais domésticos, silvestres e seres humanos. Vamos melhorar este relacionamento? ”. A campanha oferece serviço de castração de animais domésticos, cães e gatos no entorno da Reserva Biológica Estadual do Aguaí e fornece materiais educativos. O serviço é oferecido gratuitamente para as comunidades que vivem no entorno da reserva. A campanha integra uma das ações do Plano Nacional de Conservação para Pequenos Felinos Ameaçados de Extinção. Esta medida tem como objetivo evitar o aumento das populações de animais domésticos no entorno de áreas protegidas, reduzir a predação, competição e transmissão de doenças aos animais silvestres.

Outra ação compreende a vacinação de animais domésticos, como cães e gatos. A vacinação protege de várias doenças. Animais domésticos em áreas protegidas podem trazer riscos para os animais silvestres com a transmissão de diversas doenças para as espécies nativas. Essa ação é implementada em parceria com Tiger Cats Conservation Initiative, que realiza ações integradas para a conservação dos pequenos felinos silvestres nas Américas. 
Uma terceira ação é o monitoramento dos macacos no entorno da Reserva do Aguaí. Os macacos são os principais hospedeiros do vírus da febre amarela e os vetores são mosquitos, sendo os gêneros Haemagogus e Sabethes os mais importantes na América Latina. 

É fundamental entender que nesse ciclo os macacos são aliados da saúde no combate à febre amarela. Eles servem como anjos da guarda, como sentinelas da ocorrência da febre amarela. Os macacos não são responsáveis pela transmissão, muito pelo contrário, esses animais servem como guias para a elaboração de ações de prevenção. A doença é transmitida por mosquitos.

Tendo em vista que os macacos servem como bioindicadores, o Instituto Felinos do Aguaí iniciou o monitoramento de uma população de bugios (Alouatta clamitans) no Morro da Mina, Siderópolis. Se os macacos forem encontrados mortos, é sinal de que o mosquito está lá e que há circulação do vírus. Se o mosquito não encontra o macaco, encontra o homem. É importante manter esses animais sadios e dentro do seu ambiente natural, porque a detecção da morte de um macaco, que potencialmente está doente de febre amarela, pode nos dar tempo para adotar medidas de controle para evitar doença em seres humanos.